También hay otros archivos de instituciones y órdenes religiosas que tienen presencia significativa. En el caso de Bizkaia podemos destacar el Archivo de las Misioneras de Berriz, que han traído del Instituto de Roma, las de San Antonio de Durango (que depositaron en el Archivo diocesano los documentos), los Ángeles Custodios que han creado el archivo histórico en Bilbao. En todos estos el Archivo Diocesano AHEB ha coordinado y elaborado los proyectos archivísticos. También destacan las Dominicas de Lekeitio y las Misioneras Parroquiales de Elorrio
Se está impulsando la actualización de la guía de Archivos de la Iglesia http://scrinia.org/publicaciones/guia-de-archivos/
