Los trabajos de restauración, que afrontan ahora su parte más importante, incluyen la reparación de los tubos, la restauración de la caja del órgano y la renovación de los mecanismos internos. El equipo de Acitores Organeros, encargado de la restauración, destaca la importancia de este instrumento no solo por su valor musical, sino también por su relevancia histórica y arquitectónica.
Un poco de historia:
Construido por Aquilino Amezua (Azpeitia 1847–Donostia 1912), en 1894. Era un órgano de 2 teclados con consola mecánica y unos 25 registros. La primera reforma, entre 1925 y 1928, fue iniciada por Juan Melcher y finalizada por Juan Dourte. Formato de 3 teclados de 61 notas, y pedal de 30 notas, con 58 registros, con neumática.
La reforma de 1959, también a cargo de la Casa Dourte, consistió en restaurar la consola de 1930 y electrificar la transmisión. Actualmente, el órgano permanece con el formato de 1930, con 42 juegos efectivos. Desde entonces, solo se han realizado afinaciones y ajustes.
La caja ocupa el fondo de la nave central. El exterior está realizado en madera de caoba. Tiene 8 metros de ancho, 4,5 metros de fondo y 9,5 metros de altura. Ocupa 36 m² con un volumen de 300 m³.