En 1618 el antiguo Beaterio de Nuestra Señora de la Piedad de la anteiglesia de San Pedro de Luno, comenzó a ser conocido con el nombre de Santa Clara. Por tanto, hace 400 años, la comunidad aceptó el paso a la Orden de clarisas. Cuenta el franciscano Martín Mendizabal, autor de la publicación `Santa Clara de Gernika´, que es escasa la documentación que se conserva, ya que el bombardeo y las bombas incendiarias de la Legión Cóndor destruyeron la mayor parte de los archivos del convento. Sin embargo, se pudieron salvar algunas páginas de los tomos donde “aparecen registradas algunas entráticas y profesiones de religiosas de Santa Clara y en ellas consta la lista de la comunidad que las recibe”.
La etapa clarisa del monasterio comenzó con la Madre María de Arteaga, Abadesa traída de Santa Clara de Medina de Pomar para iniciar a las todavía isabelinas de Gernika en la vida de la nueva Orden.
Curiosidades
La comunidad de las clarisas de Gernika, emplazada en los alrededores de la Casa de Juntas, además de orar tenía otras labores obligadas como era coser todo el vestuario de la comunidad y sacristía o la de preparar chocolate de calidad para los junteros, sus acompañantes y los que participaban en los juegos que tenían lugar a propósito de las reuniones de las Juntas Generales de Bizkaia. No se sabe cuándo comenzó esta costumbre de servir chocolate a las Juntas porque sólo se conservan las cuentas de 1829-1854.