Las primeras noticias escritas que se tienen de este templo son de 1761, cuando era ermita, que fue destruida durante una de las Guerras Carlistas. El 4 de mayo de 1903 se colocó la primera piedra de la nueva ermita y un año después, el 19 de marzo de 1904 se abrió de nuevo al culto. Por exigencias del culto fue constituida en parroquia en 1961 separándose de Santa María de Portugalete y seis años después los responsables de la parroquia vieron la necesidad de construir un nuevo templo que es el que se inauguró en 1968 y que hoy cumple sus Bodas de Oro.
La obra estaba incompleta, el paso del tiempo iba deteriorando el edificio y, a propuesta del equipo presbiteral y del Consejo pastoral parroquial, bajo el asesoramiento del departamento de inmuebles del Obispado, en 1991, se iniciaron las obras que fueron inauguradas otro 10 de julio de 1992, día en que quedó reinaugurada la parroquia remodelada prácticamente en su totalidad, tanto interior como exteriormente.
El párroco de San Cristóbal, Fernando Allende, coordinó ayer por la tarde, el acto en el previamente al rezo de las vísperas, dos alumnas de la escuela de música, situada en los locales parroquiales interpretaron varias obras a piano y violín, y en el que el artista barakaldes Iñaki Martínez Coco, que elaboró el mural que preside el templo en el año 1992, recordó la historia de la parroquia y el proceso de trabajo a base de relieves de cerámica y mortero pintados con colores policromados con una extensión de 95 m2, así como el revestimiento de elementos anexos en material cerámico refractario de alta temperatura, en cuyo diseño participaron los presbíteros José María Muñoz y Rapel Mentxaka. Ayer se tuvo muy presentes a ambos en el acto, así como su gran legado artístico en nuestra Diócesis y fuera de ella. También se recordó con cariño a Artemio Quintana, párroco de San Cristóbal durante varias décadas y fallecido en 2002.