Las explicaciones vaticanas provenían fundamentalmente del cardenal y secretario de estado, Tarsicio Bertone, que había hecho público un documento aclaratorio sobre el discurso del Papa Benedicto XVI en la universidad de Ratisbona en el que decía lo siguiente:
— La posición del Papa sobre el Islam está sin lugar a dudas expresada en el documento del Concilio Vaticano II Nostra Aetate: «La Iglesia mira con aprecio a los musulmanes que adoran al único Dios, viviente y subsistente, misericordioso y todo poderoso, Creador del cielo y de la tierra, que habló a los hombres, a cuyos ocultos designios procuran someterse con toda el alma como se sometió a Dios Abraham, a quien la fe islámica mira con complacencia. Veneran a Jesús como profeta, aunque no lo reconocen como Dios; honran a María, su Madre virginal, y a veces también la invocan devotamente. Esperan, además, el día del juicio, cuando Dios remunerará a todos los hombres resucitados. Por ello, aprecian además el día del juicio, cuando Dios remunerará a todos los hombres resucitados. Por tanto, aprecian la vida moral, y honran a Dios sobre todo con la oración, las limosnas y el ayuno» (n. 3).
— La opción del Papa a favor del diálogo interreligioso e intercultural es asimismo inequívoca. En el encuentro con los representantes de algunas comunidades musulmanas en Colonia, el 20 de agosto de 2005, dijo que este diálogo entre cristianos y musulmanes «no puede reducirse a una opción temporal», añadiendo: «Las lecciones del pasado tienen que servirnos para evitar que se repitan los mismos errores. Queremos buscar los caminos de la reconciliación y aprender a vivir respetando la identidad del otro».
— Por lo que se refiere al juicio del emperador bizantino Manuel II Paleólogo, citado por él en el discurso de Ratisbona, el Santo Padre no pretendía ni pretende de ningún modo asumirlo, sólo lo ha utilizado como una oportunidad para desarrollar en un contexto académico y según resulta de una atenta lectura del texto, algunas reflexiones sobre el tema de la relación entre religión y violencia en general y concluir con un claro y radical rechazo de la motivación religiosa de la violencia, independientemente de donde proceda. Vale la pena recordar lo que el mismo Benedicto XVI afirmó recientemente en el mensaje conmemorativo del vigésimo aniversario del encuentro interreligioso de oración por la paz convocado por su predecesor Juan Pablo II en Asís, en octubre de 1986: «Las manifestaciones de violencia no pueden atribuirse a la religión en cuanto tal, sino a los límites culturales con las que se vive y desarrolla en el tiempo… De hecho, testimonios del íntimo lazo que se da entre la relación con Dios y la ética del amor se registran en todas las grandes tradiciones religiosas».
— Por tanto, el Santo Padre está profundamente apenado por el hecho de que algunos pasajes de su discurso hayan podido parecer ofensivos para la sensibilidad de creyentes musulmanes y hayan sido interpretados de una manera que no corresponde de ninguna manera a sus intenciones. Por otra parte, ante la ferviente religiosidad de los creyentes musulmanes ha advertido a la cultura occidental secularizada para que evite «el desprecio de Dios y el cinismo que considera la ridiculización de lo sagrado como un derecho de la libertad».
— Al confirmar su respeto y estima por quienes profesan el Islam, el Papa desea que se les ayude a comprender en su justo sentido sus palabras para que, una vez superado este momento difícil, se refuerce el testimonio en el «único Dios, viviente y subsistente, misericordioso y todo poderoso, Creador del cielo y de la tierra, que habló a los hombres» y la colaboración para promover y defender «unidos la justicia social, los bienes morales, la paz y la libertad para todos los hombres» (Nostra Aetate, n. 3).
