La comunidad franciscana se encarga de presidir las misas que se celebran en el templo durante unos días concretos del año. El día de San Juan Bautista, el de San Juan Degollado, el 31 de julio (San Ignacio), y en fin de año, son algunas fechas señaladas en su calendario.
La costumbre de celebrar la eucaristía de fin de año en la ermita de Gaztelugatxe comenzó hace más de tres décadas.
