Desde 1621, las religiosas Mercedarias comenzaron a vivir como contemplativas hasta 1922, cuando el convento aceptó una pequeña actividad docente, a la que acudían tan solo unas pocas monjas, siguiendo el resto de la comunidad el régimen de vida contemplativa. Teniéndose a las instrucciones de la constitución apostólica Sponsa Christi (1950) de Pío XII, el monasterio colegio de San José entró a formar parte de la federación de monjas Mercedarias en 1955.
En 1970 la comunidad se trasladó de Bilbao a Lañomendi. Su mayor capacidad y las nuevas exigencias de la enseñanza, condicionaron en gran manera el régimen de vida comunitaria. Tras numerosas reflexiones se les ofreció una nueva opción a fin de que cada religiosa decidiera por uno u otro género de vida y de esa comunidad de Lañomendi 13 optaron por la vida puramente contemplativa y 18 por la vida activa. Hoy en día en esta ubicación, siguen “valorando y revitalizando, su carisma de ser presencia de lo trascendente a través de una vida sencilla, austera, orante y fraterna”, resaltan las religiosas. En este gran lugar, donde se encuentran desde hace medio siglo, “hemos preparado espacios adecuados para los jóvenes que desafiando lo que el mundo les ofrece se atrevan a seguir a Jesús”.