Mons. Juan María Uriarte Goiricelaya fue nombrado obispo auxiliar de Bilbao el 17 de septiembre de 1976 y consagrado obispo el 11 de octubre de ese mismo año. Fue administrador apostólico de la diócesis de Bilbao desde la renuncia de don Antonio Añoveros, el 25 de septiembre de 1978, hasta el nombramiento de don Luis María de Larrea, el 16 de febrero de 1979. Continuó como obispo auxiliar de Bilbao otros doce años. En 1991 fue nombrado obispo de Zamora. Participó en la II Asamblea Especial para Europa del Sínodo de Obispos. El Sínodo se celebró del 26 de septiembre al 17 de octubre de 1999 en el Vaticano y participó como miembro elegido por la Conferencia Episcopal. En 2000 fue nombrado obispo de San Sebastián, donde sucedió a Mons. José María Setién. Allí estuvo como prelado durante diez años. En 2009 fue aceptada su renuncia por razones de edad.
En una entrevista concedida a la emisora diocesana Bizkaia Irratia, hace unas semanas, se mostraba «agradecido» a todas las personas que están preparando el reconocimiento. Dice que, aunque a los 90 años, el cuerpo y la mente piden «tranquilidad, paz y rutinas diarias», está «ilusionado». Considera que, es una buena ocasión para celebrar ese día con personas con las que ha compartido camino.